📄 synthetic biology
A novel polymerase III promoter for gene editing in the agricultural pest Ceratitis capitata
本論文は、地中海ミバエ（Ceratitis capitata）において CRISPR/Cas9 による遺伝子編集を効率化するため、新規の 7SK RNA ポリメラーゼ III プロモーターを同定し、その機能を実証したものである。
📄 Category
synthetic biology
57 件の論文
合成生物学は、生命の設計図をまるでプログラミングのように書き換え、新しい機能を持つ生物システムを作り出す最先端の分野です。従来の生物学が自然の仕組みを理解することに重きを置くのに対し、ここでは人工的な部品を組み合わせて、医療や環境問題の解決に役立つ新たなソリューションを構築します。
Gist.Science では、この分野の最新動向を bioRxiv から毎日収集し、すべてを網羅的に取り上げています。各プレプリント論文について、専門知識がなくても理解できる平易な要約と、研究者向けの詳細な技術的解説の両方を提供し、複雑な研究成果を誰でもアクセスしやすく変えることを目指しています。
以下に、bioRxiv から新たに追加された合成生物学の最新論文リストを示します。
📄 synthetic biology
Expanding the genetic code with diverse backbone structures across diverse sequence contexts
本研究では、非標準アミノ酸の多様な化学構造と配列コンテキストにわたって機能する直交アミノアシル-tRNA 合成酵素および tRNA を進化させ、遺伝コードの拡張を通じて、これまで困難だった非標準アミノ酸を含むタンパク質やマクロ環化合物の効率的な細胞内合成を実現しました。
📄 synthetic biology
ADAR-Sense: an open-access, species-agnostic web tool for automated, user-customisable ADAR-based RNA sensor design
本論文は、ADAR 酵素を利用した RNA センサー（sesRNA）の設計を、ユーザーが長さやミスマッチ数などの条件を柔軟に設定して自動化できるオープンアクセスの Web ツール「ADAR-Sense」を開発し、種を問わない細胞ターゲティングバイオテクノロジーの実用化を促進することを報告しています。
📄 synthetic biology
A Divergent Class of Arylamine N-Acetyltransferases Catalyzes Convergent Amidative Condensation of Polyketides in Manumycins Biosynthesis
本研究は、マンノマイシン生合成経路から発見された新規なアリールアミン N-アセチル転移酵素（NAT）が、ACP に結合したポリケチド供体と遊離のポリケチド受容体との間で前例のない分子間アミド結合形成を触媒し、これにより従来の NRPS 依存経路に依存しないポリケチドのコンバージェント結合と新規医薬品候補の創出を可能にしたことを報告しています。
📄 synthetic biology
Expression landscape of heterologous enzymes in Synechocystis sp. PCC 6803
この研究では、シアンバクテリアにおける異種酵素の発現実態を定量的に解析し、多くの酵素が分解を受けることを明らかにするとともに、遺伝子配列の最適化よりもホモログ酵素への置換が有効な解決策であることを示しました。
📄 synthetic biology
Maximally Divergent Synonymous Gene Design with SIRIUS
本論文は、整数線形計画法を用いて宿主特異的なコドン使用頻度の制約を満たしつつ、同一タンパク質をコードする DNA 配列間の共有部分配列を最小化することで合成生物学的な安定性を向上させる、新規な最適化アルゴリズム「SIRIUS」を提案し、その有効性を示したものである。
📄 synthetic biology
Automated Knowledge Graph Construction for CAR T Cell Receptor Design via Hybrid Text Mining
本論文は、自然言語処理と大規模言語モデルを統合した自動化ワークフローを用いて CAR T 細胞シグナル伝達に関する知識グラフを構築し、次世代 CAR 設計の予測や候補分子の選定に資する構造化された知識基盤を提供するものである。
📄 synthetic biology
Global Quantitative Analysis of Ligation Reactions in Self-Assembled DNA Nanostructures at the Single-Nick Level
本論文は、定量的 PCR（qPCR）を用いて DNA ナノ構造体における個々のリガーゼ反応を単一ニッケルレベルで定量的に解析し、リガーゼのドッキング確率の違いによりエッジ部で優先的に反応が起こることを実証するとともに、DMSO 共溶媒系を用いることでこの偏りを解消できることを示した。
📄 synthetic biology
Mathematical modeling and sensitivity analysis of synNotch-CAR T-cells identify engineering targets for dynamic tunability
本研究では、synNotch-CAR T 細胞のシグナル伝達と遺伝子発現を記述する微分方程式モデルを開発し、感度分析を通じてリガンド結合やプロモーター強度など、治療応用における動的な調整を可能にする重要な工学ターゲットを特定しました。
📄 synthetic biology
A CURE for synthetic regulation of gene expression: Rapid screening of guide RNA efficacy as a framework for enabling undergraduate research in plant synthetic biology
本論文は、植物の形質転換に要する長い時間を回避するため、ウイルスベクターを用いたgRNAの迅速なスクリーニング手法をカリキュラムに組み込むことで、植物合成生物学におけるコースベースの学部生研究体験（CURE）を確立し、その有効性を検証したものである。